有了中国特色的临床基本流程，有了病历形成的过程机理，再用计算机去实现临床基本流程，就可以形成基本临床信息系统。这样的系统当然地不同于图二的体系构架，这样也就从美国公司的概念中走了出来，这或许可以称之为‘中国特色’。

中国特色的临床信息系统，首先，它是不把电子病历作为系统的核心，而将基本临床流程作为系统的核心，属于系统要完成的任务与不属于本系统的任务泾渭分明，参见图五，紫红色椭圆框内是临床系统的任务，框外的任务则由其它软件系统完成。
其次，临床信息系统与医疗仪器设备软件配套运用，或与其它软件系统联合运用时，可以避免采用原来的系统‘集成’概念，改用信息‘接入’概念，
基本临床信息系统可以将其它软件关于临床的信息‘接入’到本系统加以运用。我们将基本临床系统之外，与临床相关，并且可以为临床所应用的系统，统称为‘外临床系统’；将基本临床信息系统简称为‘临床系统’。把外临床系统的试验结果、图形、图像等接入到临床系统的桌面，同时采用临床系统所拥有的知识对试验结果、图形、图像等进行描述，然后纳入临床系统的判断和智能辅助体系，以达到突出医生应用为中心的目的。

最后，临床系统应该是基于知识库的建立，全面广泛的临床医学知识是临床系统的充分条件。知识的积累和更新就是系统能力的积累和更新。知识与知识之间的关系，应能够适合建立全部临床环节的智能性辅助推导过程，将过程记录下来便成为电子病历。在中国的临床医疗系统不能忘记中医的位置，中医知识作为全人类的财富，有必要留在临床诊疗的第一线。
任何临床仪器设备的结论都是通过表述为知识才起到对疾病的判定作用；从知识的角度接入外临床系统的结论，临床诊疗过程才能主次分明、秩序井然。任何临床信息系统都只有建立在知识库的基础之上，完善地处理好各种类型的临床知识，临床信息系统才能达到它辅助医生的目的。这是一个庞大的知识工程，我们公司已经在这方面取得了阶段性的成果。